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【年末調整と確定申告の違いを徹底解説】会社員と個人事業主で異なる手続きや控除のポイントを詳しく紹介

1. 年末調整と確定申告の基本的な違いとは?

所得税の計算には「年末調整」と「確定申告」という2つの手続きがありますが、それぞれの目的や対象者が異なります。
特に、会社員と自営業者では適用される手続きが違うため、自分がどちらの手続きをすべきかを正しく理解することが重要です。
ここでは、年末調整と確定申告の基本的な違いについて詳しく解説します。

まずはこちらを見て、年末調整と確定申告のざっくりとしたイメージをつけてみてください👇

年末調整とは、企業が給与所得者(会社員やパート・アルバイト)のために行う所得税の精算手続きです。
会社は、毎月の給与支払い時に概算の所得税を源泉徴収していますが、実際の年収や各種控除を考慮して計算された税額と一致しないことがあります。
年末調整では、その過不足を調整し、払いすぎた税金は還付され、不足している場合は追加徴収が行われます。

年末調整は基本的に会社が代行して行うため、会社員は必要な書類を提出するだけで手続きが完了します。
そのため、自ら確定申告をする必要はありません。

確定申告は、個人が1年間の所得と税金を自分で計算し、税務署へ申告する手続きです。
主に、自営業者やフリーランス、または副業収入がある人が行うものですが、会社員でも特定の条件に該当する場合は確定申告が必要になります。

確定申告では、給与や事業所得のほか、不動産収入、株式投資の利益、仮想通貨取引など、あらゆる所得を合算して税額を確定させます。
合によっては、医療費控除やふるさと納税(寄附金控除)を適用して、税金の還付を受けることも可能です。

比較項目年末調整確定申告
実施主体企業(勤務先)個人(納税者自身)
対象者会社員・パート・アルバイト自営業・副業収入がある人・高所得の会社員など
目的所得税の過不足を調整するすべての所得を申告し、最終的な税額を確定させる
手続きの時期毎年12月翌年2月16日~3月15日
控除の範囲一部の控除のみ適用(生命保険料控除、扶養控除など)すべての控除が適用可能(医療費控除、寄附金控除など)

このように、年末調整は会社員の所得税精算のために企業が行う手続きであり、確定申告は個人が自ら所得税額を確定させる手続きです。
会社員のほとんどは年末調整のみで税務手続きを完了できますが、副業や多額の医療費を支払った場合など、一定の条件に該当する場合は確定申告をすることで税金が還付されることもあります。


2. 年末調整の仕組みと対象者 会社員は何を準備すればいいのか?

年末調整は、企業が従業員に代わって所得税の過不足を精算する手続きです。
会社員やパート・アルバイトの場合、この年末調整によって、ほとんどの税金関連の手続きが完結するため、自分で確定申告を行う必要がないことが一般的です。
ここでは、年末調整の仕組みや対象者、そして手続きに必要な準備について詳しく解説します。

年末調整は、従業員がその年に支払うべき正確な所得税額を確定させることを目的としています。
企業は毎月の給与支払い時に概算で所得税を源泉徴収していますが、年間を通じて計算された正しい税額と比較すると、以下のような理由で過不足が発生することがあります。

  • 給与額の変動(賞与や昇給など)
  • 年間の所得控除額の変更(結婚や子どもの誕生などによる扶養控除)

このような税金の過不足を精算するのが、年末調整の役割です。通常、以下の流れで手続きが進められます。

  1. 従業員が必要書類を勤務先に提出する(11月~12月初旬)
  2. 企業が従業員の給与や控除額を基に、年間の所得税額を再計算する
  3. 12月の給与支払い時に税金を還付または追加徴収する

年末調整では、主に以下の控除が適用されます。
これらの控除を正しく申告することで、所得税を減額することが可能です。

  • 基礎控除
    すべての納税者が受けられる控除で、2020年以降は48万円が一律で控除されます。
  • 生命保険料控除
    生命保険や医療保険の支払い額に応じて適用される控除です。生命保険会社から発行される「控除証明書」を提出する必要があります。
  • 地震保険料控除
    地震保険に加入している場合、保険料に応じた控除が受けられます。
  • 配偶者控除・配偶者特別控除
    配偶者の所得が一定額以下であれば、納税者の所得税を軽減することができます。
  • 扶養控除
    子どもや親など扶養家族がいる場合に適用される控除です。年齢や収入条件により金額が異なります。
  • 住宅ローン控除(2年目以降)
    住宅ローンを利用して自宅を購入した場合、2年目以降は年末調整で控除を受けることができます。初年度は確定申告が必要です。

年末調整をスムーズに進めるためには、以下の書類を準備しておく必要があります。

  1. 扶養控除等(異動)申告書
    扶養家族の情報を記載する書類で、扶養控除や配偶者控除を申請する際に必要です。
  2. 保険料控除申告書
    生命保険料控除や地震保険料控除を申請するための書類です。
    保険会社から送付される「控除証明書」を添付して提出します。
  3. 住宅ローン控除に関する書類
    住宅借入金等特別控除を受けるために必要な書類です。
    2年目以降は金融機関から送付される「借入金残高証明書」を準備します。
  4. 本人確認書類(場合によっては必要)
    企業によってはマイナンバーを登録する必要があります。
    マイナンバーカードや通知カードを準備しておきましょう。

年末調整だけで手続きが完了するケースが多いですが、以下の場合には会社員であっても確定申告が必要になります。

  • 年収が2,000万円を超える場合
  • 副業やアルバイトで20万円を超える収入がある場合
  • 医療費控除やふるさと納税(ワンストップ特例を利用していない場合)を申請する場合
  • 住宅ローン控除の初年度

このような状況に該当する場合は、年末調整だけでは適切な控除が受けられないため、確定申告を併用して税金を調整する必要があります。


3. 確定申告の対象者と手続きの流れ 個人で申告が必要なケースとは?

確定申告は、1年間の所得と税額を個人が自ら計算し、税務署へ申告する手続きです。
年末調整で完結する会社員とは異なり、自営業者や副業収入のある人、特定の条件に該当する会社員などが対象となります。
確定申告をすることで、税金の還付を受けられるケースもあるため、自分が該当するかどうかを正しく理解しておくことが重要です。

以下のような人は、確定申告を行う必要があります。

  1. 自営業者・フリーランス
    • 給与所得以外の事業所得がある場合は、確定申告を行い、年間の所得税額を確定させる必要があります。
    • 青色申告を活用すれば、最大65万円の控除が受けられます。
  2. 給与所得者(会社員)でも確定申告が必要なケース
    • 年収が2,000万円を超える場合
      → 年末調整の対象外となるため、確定申告が必要です。
    • 副業などで20万円を超える所得がある場合
      → 給与以外の収入(アフィリエイト、YouTube収益、投資利益など)が年間20万円を超えた場合は申告が必要です。
    • 2ヶ所以上の会社から給与を受け取っている場合
      → メインの勤務先以外の給与所得がある場合、確定申告が必要です。
    • 医療費控除やふるさと納税(ワンストップ特例を利用していない場合)を申請したい場合
      → 年間10万円以上の医療費を支払った場合、確定申告を行うことで税金の一部が還付されます。
      → ふるさと納税で6自治体以上に寄付した場合、確定申告が必要になります。
    • 住宅ローン控除の初年度
      → 住宅ローン控除を受けるためには、初年度のみ確定申告が必要です。2年目以降は年末調整で控除を受けられます。

確定申告では、年末調整では受けられない控除を適用することができます。
以下の控除を活用することで、税金を抑えることが可能です。

  • 医療費控除
    → 家族全員の医療費が年間10万円(または所得の5%)を超えた場合に適用され、所得税の還付を受けられます。
  • 寄附金控除(ふるさと納税)
    → ふるさと納税の寄附額から2,000円を差し引いた金額が控除対象となります。
  • 雑損控除
    → 災害や盗難などで資産に損害を受けた場合、損害額に応じて控除を受けることができます。
  • 小規模企業共済等掛金控除
    → 自営業者向けの年金制度「小規模企業共済」の掛金は、全額所得控除の対象になります。

確定申告は、毎年2月16日〜3月15日の期間に行います。
手続きはオンライン(e-Tax)または紙の申告書を税務署に提出する方法のどちらかで行うことができます。

確定申告の流れ
  1. 必要な書類を準備する
    • 源泉徴収票(会社員の場合)
    • 医療費の領収書(医療費控除を受ける場合)
    • 寄附金の受領証(ふるさと納税を申請する場合)
    • 収入・経費の記録(自営業者の場合)
  2. 確定申告書を作成する
    • 国税庁の「確定申告書等作成コーナー」または会計ソフト(freee、マネーフォワードなど)を活用すると簡単に作成可能です。
  3. 税務署へ提出する(e-Taxまたは紙の提出)
    • e-Taxを利用すると、オンラインで提出できるため、郵送や税務署に行く手間が省けます。
  4. 還付金が振り込まれる(還付申告の場合)
    • 申告から約1ヶ月〜1.5ヶ月後に指定した口座に還付金が振り込まれます。

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確定申告が必要なのに申告をしなかった場合、以下のペナルティが発生する可能性があります。

  • 延滞税・無申告加算税が発生
    → 期限を過ぎて申告すると、延滞税や無申告加算税が課されます。
  • 青色申告の特典を受けられなくなる
    → 65万円控除を受けるためには、期限内に申告することが必須です。
  • 税務調査のリスクが高まる
    → 申告漏れがあると、税務署から指摘を受け、追徴課税が発生することがあります。


4. 年末調整と確定申告の控除の違い どの制度を活用すればお得になるのか?

年末調整と確定申告では、それぞれ適用される控除の種類が異なります。
特に、確定申告でしか受けられない控除も多いため、自分にとってどの制度を活用すれば節税につながるのかを正しく理解することが重要です。
ここでは、年末調整と確定申告で適用される控除の違いを詳しく解説します。

年末調整では、会社員が受けられる以下の控除が適用されます。

控除の種類内容
基礎控除すべての納税者が適用される控除(48万円)
扶養控除扶養している家族(子ども・親など)がいる場合に適用
配偶者控除配偶者の年収が103万円以下の場合に適用
配偶者特別控除配偶者の年収が103万円~201万円以下の場合に適用
社会保険料控除健康保険料や年金保険料などの支払い分が控除対象
生命保険料控除生命保険や医療保険の保険料に応じた控除
地震保険料控除地震保険に加入している場合に適用
住宅ローン控除(2年目以降)住宅ローンの残高に応じて税額控除
障害者控除障害者手帳を持っている本人や扶養親族がいる場合
ひとり親控除ひとり親世帯が対象
寡婦控除配偶者と離別・死別した女性が対象

会社員のほとんどは、これらの控除を適用することで、適切な税額調整が完了します。
ただし、年末調整では一部の控除しか適用されないため、追加の控除を受ける場合は確定申告が必要です。

確定申告では、年末調整では適用されない控除も申請できます。以下の控除は、確定申告を行うことで税金の還付を受けられる可能性があります。

控除の種類内容
医療費控除家族全員の医療費が年間10万円を超えた場合に適用
セルフメディケーション税制特定の市販薬を購入した場合に適用(※医療費控除との併用不可)
寄附金控除(ふるさと納税)ふるさと納税の寄附額から2,000円を引いた額が控除対象
雑損控除災害・盗難・横領などの損害を受けた場合に適用
小規模企業共済等掛金控除個人事業主向けの年金制度「小規模企業共済」の掛金が全額控除
住宅ローン控除(1年目)住宅ローン控除を初めて適用する場合は確定申告が必要

特に、「医療費控除」「ふるさと納税の寄附金控除」「住宅ローン控除の初年度申請」などは、多くの人が活用できる節税方法です。
これらの控除を適用するためには、確定申告を行う必要があります。

確定申告で受けられる控除の中でも、特に多くの人に関係する「医療費控除」「寄附金控除(ふるさと納税)」「雑損控除」の活用方法を解説します。

1. 医療費控除で税金を取り戻す
  • 年間10万円以上の医療費を支払った場合、確定申告で医療費控除を受けることができます。
  • 家族全員分の医療費を合算できるため、配偶者や子どもの医療費も含めることが可能です。
  • 通院の交通費や市販薬の購入費も対象になる場合があるため、領収書をしっかり保存しておきましょう。
2. ふるさと納税を活用して節税
  • ふるさと納税は、自治体に寄付を行うことで、翌年の住民税を減額できる制度です。
  • **5自治体以内の寄付なら「ワンストップ特例制度」**を利用して確定申告なしで控除を受けられますが、6自治体以上に寄付した場合は確定申告が必要です。
  • 寄附した自治体から送られてくる「寄附金受領証明書」を保存し、確定申告時に提出しましょう。

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3. 雑損控除で災害や盗難の損害を補填
  • 自然災害や盗難、横領などで財産に損害を受けた場合、確定申告で「雑損控除」を申請できます。
  • 火災や台風、地震などの災害により損害を受けた場合も控除の対象となるため、被害を証明する書類を保管しておきましょう。

年末調整と確定申告のどちらを選ぶべきかは、自分の状況によります。以下の表を参考に、どの手続きを活用すれば節税につながるのかを確認しましょう。

条件年末調整のみでOK確定申告が必要
一般的な会社員(副業なし)
副業収入が20万円以下✕(申告不要)
副業収入が20万円超
住宅ローン控除(1年目)
医療費が10万円以上
ふるさと納税(5自治体以内)✕(ワンストップ特例利用可)
ふるさと納税(6自治体以上)

年末調整だけで済む人もいれば、確定申告を活用することで税金の還付を受けられる人もいます。
自分の収入や支出に応じて、最適な方法を選びましょう。

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5. 副業や複数の収入がある場合はどちらを選ぶべき?

近年、副業や複数の収入源を持つ働き方が一般的になりつつあります。
しかし、このような状況では、年末調整だけで税務手続きが完結しない場合があります。
副業収入がある人や複数の会社から給与を受け取っている人は、確定申告が必要になるケースが多いため、自分の状況に応じて適切な手続きを選ぶことが重要です。
ここでは、副業や複数の収入がある場合の税務手続きについて詳しく解説します。

会社員として働きながら副業をしている場合、副業収入が年間20万円以下であれば、所得税法上は確定申告を行う必要はありません。
この条件は、「副業による所得」が基準となります。

所得の計算方法

副業で得た収入から、必要経費を差し引いた額が「所得」となります。

  • :副業の収入が18万円で、経費が3万円の場合
    → 所得は15万円(18万円 − 3万円)となり、この場合は確定申告が不要です。

ただし、住民税の計算では20万円以下の所得も考慮されるため、副業収入を市区町村に報告する必要がある場合があります。
その場合、勤務先に副業を知られたくない人は、住民税の申告方法で「普通徴収」を選択することで、副業分の住民税を自分で納付することが可能です。

副業の所得が年間20万円を超える場合は、確定申告が必要です。
この場合、以下のポイントを押さえて手続きを進めましょう。

  • 収入と経費を正確に記録する
    副業で得た収入や経費を記録しておくことが大切です。経費として認められるものには、業務に必要な道具や通信費、交通費などがあります。
    これらを正確に申告することで、課税所得を減らすことができます。
  • 源泉徴収票を準備する
    本業の給与所得を記載した源泉徴収票が必要です。本業と副業の収入を合算して申告し、正しい税額を確定させます。
  • 青色申告を活用する
    副業が事業所得として認められる場合は、青色申告を行うことで最大65万円の控除を受けられます。
    ただし、青色申告をするには事前に税務署に届け出を提出する必要があります。

複数の会社から給与を受け取っている場合、以下の条件に該当する場合は確定申告が必要になります。

  • 2ヶ所目以降の会社から受け取る給与が年間20万円を超える場合
    メインの勤務先で年末調整を行ったとしても、2ヶ所目以降の給与は年末調整の対象外です。
    そのため、確定申告でこれらの収入を申告し、税額を確定する必要があります。
  • アルバイトや短期の収入でも適用される
    会社員として本業がある場合でも、アルバイトや短期契約で得た収入が20万円を超える場合は、確定申告を行う必要があります。
手続きの流れ
  1. 各勤務先から源泉徴収票を受け取る
  2. メインの勤務先での収入と、その他の勤務先での収入を合算して申告
  3. 副収入に対して過不足があれば調整

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副業や複数収入がある場合、確定申告をすることで節税につながるケースもあります。
以下のポイントを押さえておきましょう。

  • 必要経費の計上
    副業に関する経費を漏れなく計上することで、所得税を減らすことができます。
    例えば、副業で使用するパソコンやインターネットの通信費、交通費、取材費用などが該当します。
  • 所得控除を活用する
    確定申告では、医療費控除や寄附金控除、青色申告特別控除など、年末調整では受けられない控除も適用可能です。
    これにより、さらに税金を抑えることができます。
  • 損益通算の活用
    副業が赤字だった場合、その損失を他の所得と相殺(損益通算)することで、課税対象となる所得を減らすことができます。
    特に、株式投資や不動産所得などを副業で行っている人にとって有効です。
  1. 確定申告を忘れるとペナルティが発生
    確定申告を忘れると、延滞税や無申告加算税が課される可能性があります。期限内に必ず申告を行いましょう。
  2. 住民税の処理方法に注意
    副業が勤務先に知られるのを避けたい場合は、住民税を「普通徴収」に設定することで、副業分の税金を自分で納付することができます。
  3. 税務調査のリスクに備える
    副業収入が増えると、税務署から収入や経費の明細を求められることがあります。正確な記録を残しておきましょう。

税務署が来るとこんなリスクが...👇


6. まとめ 自分に合った申告方法を選んで税金対策をしよう

年末調整と確定申告は、いずれも所得税を適切に計算し、過不足を調整するために必要な手続きです。
自分の収入や控除の条件に応じて、どちらの手続きが必要なのか、またどの控除を活用できるのかを正しく理解することで、税金の負担を軽減することができます。

会社員で副業収入がなく、特別な控除を申請する必要がない場合は、年末調整だけで税金の手続きが完了します。
しかし、副業収入がある場合や医療費控除、寄附金控除、住宅ローン控除の初年度申請を行う場合には、確定申告が必要になります。
以下の表で自分がどちらに該当するか確認しましょう。

状況年末調整のみ確定申告が必要
一般的な会社員(副業なし)
医療費が10万円を超える場合
副業収入が20万円以下の場合〇(住民税の報告は必要)
副業収入が20万円超の場合
ふるさと納税で6自治体以上に寄付
年収が2,000万円を超える場合
住宅ローン控除の初年度

このように、自分の収入や支出の状況に応じて、年末調整または確定申告を選択することがポイントです。

改めてこちらを見て、年末調整と確定申告の違いのイメージをつけてください👇

年末調整と確定申告では、それぞれ異なる控除が適用されます。
特に確定申告では、医療費控除や寄附金控除、雑損控除など、年末調整では受けられない控除を申請することが可能です。
これにより、税金の還付を受けたり、翌年の住民税を減額できる可能性があります。

また、副業収入がある場合は、必要経費をしっかりと計上し、青色申告を活用することで、さらに税負担を軽減することができます。
事前に税務署に相談することや、会計ソフトを利用して収支の管理を徹底することも効果的です。

確定申告は毎年2月16日から3月15日までの期間に行われますが、早めに準備を始めることで、提出期限に焦ることなく手続きを完了させることができます。
以下のポイントを意識して準備を進めましょう。

  • 源泉徴収票や医療費の領収書、寄附金受領証など、必要書類を事前に整理しておく
  • e-Taxを活用してオンラインで申告を行うことで、提出の手間を省く
  • 確定申告書の作成には、会計ソフトや国税庁の「確定申告書等作成コーナー」を利用する

また、万が一申告期限に間に合わなかった場合でも、「還付申告」は5年以内であれば申請可能です。
期限後でも慌てずに正確な手続きを進めることが重要です。

年末調整や確定申告をスムーズに進めるためには、日頃から税金に関する意識を持つことが大切です。
収入や支出の記録をこまめに行い、自分がどのような控除を活用できるのかを把握しておきましょう。
また、税制度や手続きは毎年変わる可能性があるため、最新情報を定期的に確認することも欠かせません。

新しい働き方が増える中で、税金の手続きも多様化しています。
自分に合った申告方法を選び、賢く税金を管理することで、無駄な負担を減らし、将来の資産形成に役立てていきましょう。

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